Για τα μαθήματα υποστήριξης της ελληνομάθειας των μειονοτικών μαθητών στα μαθηματικά, αξιοποιείται το εκπαιδευτικό υλικό Μαθηματικά σε περιβάλλον διαμορφωμένο για αυτόνομη μάθηση, το οποίο στοχεύει στην ανάπτυξη της αυτονομίας και της αυτοπεποίθησης του μαθητή στο συγκεκριμένο αντικείμενο, καλλιεργώντας τη δυνατότητά του να κατανοεί οδηγίες γραμμένες στην ελληνική γλώσσα και να επιχειρηματολογεί, τεκμηριώνοντας τις ενέργειες και τις σκέψεις του με έγκυρους από μαθηματική άποψη τρόπους. Οι συστηματικές επιμορφωτικές συναντήσεις, που πραγματοποιούνται για την υποστήριξη των εκπαιδευτικών, εστιάζουν στη δυνατότητα ενίσχυσης της συνεργασίας και της αλληλεπίδρασης μεταξύ των μαθητών για την επίλυση προβλημάτων, όψεις της διδακτικής πράξης που η σύγχρονη Διδακτική θεωρεί καθοριστικές για τη μάθηση.
Αντίστοιχα μαθήματα σχετικά με τα μαθηματικά πραγματοποιούνται και στα δημοτικά σχολεία που συμμετέχουν στο Πρόγραμμα.