Aπό την πλευρά της ελληνικής πολιτείας το Πρόγραμμα «Εκπαίδευση των παιδιών της μουσουλμανικής Μειονότητας στη Θράκη» είναι προϊόν της νέας πολιτικής του ελληνικού κράτους απέναντι στη Mειονότητα της Θράκης που αρχίζει τη δεκαετία του 1990 και έχει ως βασικούς στόχους:
- την αρμονική ένταξη των παιδιών της Mειονότητας στο εκπαιδευτικό σύστημα και την ευρύτερη κοινωνία
- την αναβάθμιση της εκπαίδευσής τους, με έμφαση στην καλή γνώση της ελληνικής γλώσσας που θα βοηθήσει τη μελλοντική τους ένταξη στην εργασία με καλύτερους όρους
- τη διασφάλιση της αποδοχής των παιδιών αυτών από το εκπαιδευτικό προσωπικό και όλους τους πολίτες της Θράκης
- την παροχή στους εκπαιδευτικούς αφενός ειδικών γνώσεων, αφετέρου κατάλληλου και καινοτόμου εκπαιδευτικού υλικού
- την υποστήριξη των οικογενειών για να ενισχύσουν τη σχολική επίδοση των παιδιών τους.
Η αναβάθμιση της εκπαίδευσης των παιδιών της Μειονότητας και η αρμονική τους ένταξη στην κοινωνία ως ισότιμων πολιτών της Ελλάδας και της Ευρωπαϊκής Ένωσης δεν αφορά μόνο τη Μειονότητα, αλλά συμβάλλει γενικότερα στην πρόοδο τόσο της Θράκης όσο και ολόκληρης της Ελλάδας.
Με σύνθημα «Κάνουμε πρόσθεση και όχι αφαίρεση, πολλαπλασιασμό και όχι διαίρεση», το Πρόγραμμα «Εκπαίδευση Μουσουλμανοπαίδων» συμβάλλει από το 1997 με το έργο του στη βελτίωση των εκπαιδευτικών δεδομένων της Μειονότητας.