Κατά τη δεύτερη φάση του Προγράμματος οργανώθηκαν οι ακόλουθες έρευνες:

• Έρευνα με αντικείμενο τις απόψεις των εκπαιδευτικών που διδάσκουν στο ελληνόγλωσσο πρόγραμμα των μειονοτικών δημοτικών σχολείων σχετικά με τα νέα βιβλία  και εκπαιδευτικά υλικά που παρήγαγε το Πρόγραμμα.
• Έρευνα σχετικά με τη διαρροή των μειονοτικών μαθητών από το υποχρεωτικό γυμνάσιο.
• Έρευνα σχετικά με τα επίπεδα γλωσσομάθειας στην ελληνική των μαθητών των μειονοτικών δημοτικών σχολείων.
• Διερεύνηση και καταγραφή των στάσεων απέναντι στη φοίτηση των παιδιών της μειονότητας στη δευτεροβάθμια εκπαίδευση.
• Πλήρης καταγραφή και κατατοπιστικός σχολιασμός της διαθέσιμης βιβλιογραφίας της ελληνικής ως δεύτερης / ξένης γλώσσας.
• Συγκριτική αξιολόγηση εγχειριδίων για τη διδασκαλία της ελληνικής ως δεύτερης/ ξένης γλώσσας.

Ερευνητικές εκθέσεις

Ασκούνη Ν., Σταμέλος Γ. (2004), Φοίτηση στο γυμνάσιο και σχολική διαρροή των μουσουλμανοπαίδων.
Μποζατζής Ν., Κωνσταντινίδου Θ., Τσονίδης Α., Φίγγου Ε. (2004), Ταυτότητες και Εκπαίδευση: μια ανάλυση του πλειονοτικού και μειονοτικού λόγου στη Θράκη.
Τζεβελέκου, Μ., Β. Κάντζου, Σ. Σταμούλη, Σ. Βαρλοκώστα, Β. Χονδρογιάννη, Ι. Παπαγεωργακόπουλος, Β. Λύτρα & Μ. Ιακώβου (2004). Η ελληνική ως δεύτερη γλώσσα: κλίμακα αξιολόγησης και μέτρηση του επιπέδου γνώσης της ελληνικής στα μειονοτικά σχολεία της Θράκης. Τελική έκθεση στο πρόγραμμα «Εκπαίδευση Μουσουλμανοπαίδων 2002-2004».