Μια από τις μεγάλες δυσκολίες που αντιμετώπισε το Πρόγραμμα «Εκπαίδευση Μουσουλμανοπαίδων» στο ξεκίνημά του το 1997 ήταν η απουσία έγκυρων και επίσημων δεδομένων σχετικά με βασικές παραμέτρους της εκπαίδευσης της μειονότητας, όπως για παράδειγμα το ποσοστό συμμετοχής στο σχολείο, τα κοινωνικά χαρακτηριστικά του μαθητικού πληθυσμού, το ύψος της μαθητικής διαρροής κλπ. Οι έρευνες που έγιναν στο πλαίσιο του Προγράμματος  είχαν στόχο να καταγράψουν τα δεδομένα της μειονοτικής εκπαίδευσης και να αναδείξουν τις ιδιαιτερότητες του συγκεκριμένου πεδίου και τις τάσεις που διαγράφονται. Η έμφαση αρχικά δόθηκε στη διερεύνηση των παραγόντων (κοινωνικών, οικονομικών, πολιτισμικών, πολιτικών) που επηρεάζουν τη στάση της Μειονότητας απέναντι στο σχολείο και τη φοίτηση των μουσουλμάνων μαθητών. Οι πιο πρόσφατες έρευνες εστιάζουν στις σημαντικές αλλαγές που έχουν συντελεστεί στο πεδίο της εκπαίδευσης.